L’Antro del Serpente si trova all’estremità nord del Portico, dove una stretta porta consente l’accesso a un primo ambiente semicircolare, in gran parte diruto, cui segue un’ampia galleria orientata SW-NE, lunga circa 35 metri e caratterizzata dalla presenza di 9 ambienti laterali, tutti sul lato SE, lunghi da 3 a 12 metri.
In fondo alla galleria si interseca uno strettissimo cunicolo idraulico trasversale, forse precedente, percorribile per circa 40 metri. Questo cunicolo, insieme ad altri attraversati nel medesimo punto ma interrati, doveva essere utilizzato come conserva d’acqua potabile, condotta poi attraverso una canaletta scavata sul lato N-W della galleria principale fino agli ambienti iniziali, dove forse era un piccolo ninfeo o una semplice fontana.
I primi tre ambienti laterali presentano una struttura complessa – difficile da identificare ma legata forse a delle vicine cisterne – e intercettano inoltre alcuni cunicoli idraulici, ora completamente interrati. Le altre gallerie appaiono come semplici depositi o ricoveri.
Sulla natura di queste strutture laterali sono ancora in corso studi.