Venne costruita nel 1675 dall’architetto Carlo Fontana su commissione di Filippo Cesarini.

Alcuni studiosi ritengono che il Fontana, essendo allievo e collaboratore di Gian Lorenzo Bernini, si sia ispirato per creare la scogliera alla Fontana dei Fiumi di Piazza Navona.
In origine la Fontana degli Scogli mostrava due enormi serpenti che erano scolpiti ai due lati della scogliera, che fa supporre che la Fontana riproduca l’antico antro del serpente collegato al culto di Giunone Sospita, di cui menzione è fatta da Eliano, Properzio, e dallo Pseudo Prospero d’Aquitania.